A fonoterapia é indicada para crianças com atraso no desenvolvimento de linguagem, de fala, assim como crianças que apresentem dificuldade no processo de aprendizagem leitura e escrita, alterações de motricidade oral (dificuldade na mastigação, deglutição, respiração), gagueira e distúrbios da voz. As causas dessas alterações são diversas e a criança precisa ser avaliada pelo fonoaudiólogo para que este possa definir e planejar a terapia com as condutas necessárias para evolução da criança.
Assim como as crianças, os adultos também podem sofrer problemas de fala, sucção, mastigação, deglutição e mímica facial, que são funções relacionadas à face e à boca, utilizadas durante toda a vida.

Deve-se procurar um fonoaudiólogo quando apresentam dificuldades na comunicação social ou em ambiente de trabalho. As principais queixas são de alteração para articular os sons da fala, expressividade oral (no caso de profissionais da voz como (professores, cantores… ) ou um problema vocal, (lesões em pregas vocais) devido ao uso inadequado da voz.

O fonoaudiólogo também pode melhorar muito a qualidade de vida relacionada a doenças como apneia do sono; câncer de cabeça e pescoço, que interfere diretamente na fala e na deglutição; labirintite; paralisia facial; AVCs, traumatismos e outras doenças neurológicas; intervenções faciais como cirurgia ortognática e trauma de face; cirurgias na garganta; entre outras.

Os idosos também podem se beneficiar muito com a fonoaudiologia, quando a intenção é fortalecer os músculos da deglutição, prevenindo assim engasgos frequentes ou perda auditiva por causa do envelhecimento normal.